Dalam rangka mendukung visi Kementerian Kelautan dan Perikanan yaitu menjadikan Indonesia sebagai penghasil ikan terbesar tahun 2015, budidaya ikan sistem KJA memiliki prospek yang cerah untuk peningkatan produksi ikan. Peningkatan produksi ikan sebesar 353% secara langsung akan berdampak pada meningkatnya usaha budidaya ikan intensif dengan tingkat kepadatan ikan yang tinggi dan pemberian pakan buatan. Pada saat jumlahnya melampaui batas tertentu dapat mengakibatkan proses sedimentasi yang tinggi berupa penumpukan sisa pakan di dasar perairan yang akan menyebabkan penurunan kualitas perairan (pengurangan pasokan oksigen dan pencemaran air danau/waduk).
